为了更好地贯彻和完善工程中心的各项管理工作，工程中心建立了健全合理的组织管理架构，工程中心特设立管理委员会、技术委员会，下设地下水污染监测与预警技术部、地下水污染模拟与管理技术部、土壤-地下水污染控制与修复技术部进行三大研究方向的技术研发。研发成果经工程示范基地、设备制造基地、珠海基地的试验和验证，进一步在行业内进行工程化推广应用。